EDNA Plugin: EDPluginControlRunXds

Name:EDPluginControlRunXds
Project:mxPluginExec
Path:mxPluginExec/plugins/EDPluginGroupAutoproc/plugins/EDPluginControlRunXds.py
Author:Thomsa Boeglin
Date:
Copyright:ESRF
License:GPLv3+
Module doc:
Class doc:Runx XDS 3 times like Max's autoproc does.
1. First run is a vanilla run
2. Second run set JOB to DEFPIX INTEGRATE CORRECT
3. Third run set JOB to ALL, maxproc to 4 and maxjobs to 1
4. Final run set JOB to DEFPIX INTEGRATE CORRECT and maxproc and
maxjobs like the 3rd run
Datamodels: XSDataMinimalXdsIn
targetNamespace "http://www.edna-site.org"
import XSDataCommon.XSDataDouble
import XSDataCommon.XSDataString
import XSDataCommon.XSDataInteger
import XSDataCommon.XSDataFloat
import XSDataCommon.XSDataVectorDouble
import XSDataCommon.XSDataInput
import XSDataCommon.XSDataResult
import XSDataCommon.XSDataBoolean
import XSDataCommon.XSDataFile

complex type XSDataMatthewsCoeffIn extends XSDataInput {
        a     : XSDataDouble
        b     : XSDataDouble
        c     : XSDataDouble
        alpha : XSDataDouble
        beta  : XSDataDouble
        gamma : XSDataDouble
        symm  : XSDataString
}

complex type XSDataMatthewsCoeffOut extends XSDataResult {
        best_p   : XSDataDouble
        best_sol : XSDataString
}

complex type XSDataRBinsIn extends XSDataInput {
        low  : XSDataDouble
        high : XSDataDouble
}

complex type XSDataRBinsOut extends XSDataResult {
        bins : XSDataDouble[]
}

complex type XSDataRange {
        begin : integer
        end   : integer
}

complex type XSDataMinimalXdsIn extends XSDataInput {
        input_file        : XSDataString
        job            : XSDataString optional
        maxproc            : XSDataInteger optional
        maxjobs            : XSDataInteger optional
        friedels_law        : XSDataBoolean optional
        resolution_range    : XSDataFloat [] optional
        spot_range        : XSDataRange [] optional
    spacegroup        : XSDataInteger optional
    unit_cell        : XSDataString optional
}

complex type XSDataMinimalXdsOut extends XSDataResult {
        succeeded : XSDataBoolean
}

complex type XSDataXdsOutputFile extends XSDataInput {
        correct_lp : XSDataFile
        gxparm     : XSDataFile optional
}

complex type XSDataXdsCompletenessEntry {
        outer_res                : XSDataFloat
        outer_observed           : XSDataFloat
        outer_unique             : XSDataFloat
        outer_possible           : XSDataFloat
        outer_complete           : XSDataFloat
        outer_rfactor            : XSDataFloat
        outer_isig               : XSDataFloat
        half_dataset_correlation : XSDataFloat
}

complex type XSData2DCoordinates {
        x : XSDataFloat
        y : XSDataFloat
}

complex type XSDataXdsOutput extends XSDataResult {
        completeness_entries             : XSDataXdsCompletenessEntry []
        total_completeness               : XSDataXdsCompletenessEntry
        crystal_mosaicity                : XSDataFloat
        direct_beam_coordinates          : XSDataVectorDouble
        direct_beam_detector_coordinates : XSData2DCoordinates
        detector_origin                  : XSData2DCoordinates
        crystal_to_detector_distance     : XSDataFloat
        coordinates_of_unit_cell_a_axis  : XSDataVectorDouble
        coordinates_of_unit_cell_b_axis  : XSDataVectorDouble
        coordinates_of_unit_cell_c_axis  : XSDataVectorDouble
        cell_a                           : XSDataFloat
        cell_b                           : XSDataFloat
        cell_c                           : XSDataFloat
        cell_alpha                       : XSDataFloat
        cell_beta                        : XSDataFloat
        cell_gamma                       : XSDataFloat
        unit_cell_constants              : XSDataFloat [] optional
        sg_number                        : XSDataInteger optional
        /* the XDS run and the parsing are in separate plugins we
        cannot use getWorkingDirectory to find where XDS ran so we
        include that here. Yes, this is not pretty. */
        xds_run_directory                : XSDataString
}

complex type XSDataResCutoff extends XSDataInput {
        xds_res              : XSDataXdsOutput
        completeness_entries : XSDataXdsCompletenessEntry []
        detector_max_res     : XSDataFloat optional
        //XXX : remove from model as it is only pass through?
        total_completeness   : XSDataXdsCompletenessEntry
        res_override         : XSDataFloat optional

        // the parameters we can use for cutoff
        completeness_cutoff  : XSDataFloat optional
        isig_cutoff          : XSDataFloat optional
        r_value_cutoff       : XSDataFloat optional
        cc_half_cutoff       : XSDataFloat optional
}

complex type XSDataResCutoffResult extends XSDataResult {
        res            : XSDataFloat
        bins           : XSDataFloat []
        //XXX : those 3 vars are only pass-through. Remove?
        total_complete : XSDataFloat
        total_rfactor  : XSDataFloat
        total_isig     : XSDataFloat
}

complex type XSDataXscaleInputFile extends XSDataInput {
    // usually one of the path will be None depending on whether
    // we're on the anom or noanom path
        path_anom    : XSDataString optional
    path_noanom    : XSDataString optional
        res        : XSDataFloat
}

complex type XSDataXscaleGeneratedFiles extends XSDataResult {
        hkl_anom_merged       : XSDataString
        lp_anom_merged        : XSDataString
        stats_anom_merged     : XSDataXscaleParsedOutput

        hkl_noanom_merged     : XSDataString
        lp_noanom_merged      : XSDataString
        stats_noanom_merged   : XSDataXscaleParsedOutput

        hkl_anom_unmerged     : XSDataString
        lp_anom_unmerged      : XSDataString
        stats_anom_unmerged   : XSDataXscaleParsedOutput

        hkl_noanom_unmerged   : XSDataString
        lp_noanom_unmerged    : XSDataString
        stats_noanom_unmerged : XSDataXscaleParsedOutput
}

complex type XSDataXscaleInput extends XSDataInput {
        merge               : XSDataBoolean
        friedels_law        : XSDataBoolean
        xds_files           : XSDataXscaleInputFile []
        unit_cell_constants : XSDataFloat []
        sg_number           : XSDataInteger
        bins                : XSDataDouble [] optional
}

complex type XSDataXscaleOutput extends XSDataResult {
        succeeded : XSDataBoolean
        hkl_file  : XSDataString optional
        lp_file   : XSDataString optional
}

complex type XSDataXscaleParsingInput extends XSDataInput {
        lp_file : XSDataString
}

complex type XSDataXscaleCompletenessEntry extends XSDataXdsCompletenessEntry {
        multiplicity : XSDataFloat
}

complex type XSDataXscaleParsedOutput extends XSDataResult {
        total_completeness   : XSDataXscaleCompletenessEntry
        completeness_entries : XSDataXscaleCompletenessEntry []
}


/* In the original pipeline XDS is simply rerun in the same dir since
edna insists on running each plugin into its separate directory we
will simply require where the previous run take place and link the
useful files from there. Yes, this is not pretty */

complex type XSDataXdsGenerateInput extends XSDataInput {
        previous_run_dir : XSDataString
        resolution       : XSDataFloat
}

// we are only interested in that one file
complex type XSDataXdsGenerateOutput extends XSDataResult {
        hkl_anom           : XSDataString
        hkl_no_anom        : XSDataString
        correct_lp_anom    : XSDataString
        correct_lp_no_anom : XSDataString
        gxparm             : XSDataString
}

complex type XSDataAutoprocInput extends XSDataInput {
        input_file        : XSDataFile
        res_override        : XSDataFloat optional
        //cutoffs
        completeness_cutoff    : XSDataFloat optional
        isig_cutoff        : XSDataFloat optional
        r_value_cutoff        : XSDataFloat optional
        cc_half_cutoff        : XSDataFloat optional

        data_collection_id    : XSDataInteger optional
        detector_max_res    : XSDataFloat optional
        low_resolution_limit    : XSDataFloat optional
        nres            : XSDataFloat optional

    spacegroup        : XSDataInteger optional
    unit_cell        : XSDataString optional // space separated numerical values

        output_file        : XSDataFile
}

complex type XSDataXdsToSca extends XSDataInput {
        hkl_file : XSDataFile
        sca_file : XSDataFile
}

// these are use by the subplugins of the general file conversion
// control plugin
complex type XSDataPointless extends XSDataInput {
        input_file      : XSDataString // XDS HKL file
        output_file    : XSDataString

}

complex type XSDataPointlessOut extends XSDataResult {
    sgnumber    : XSDataInteger optional
    sgstr        : XSDataString optional
}

complex type XSDataAimless extends XSDataInput {
        input_file       : XSDataString // intermediate file name
        output_file      : XSDataString
        dataCollectionID : XSDataInteger
        start_image      : XSDataInteger
        end_image        : XSDataInteger
        res              : XSDataFloat
        anom             : XSDataBoolean
}

complex type XSDataTruncate extends XSDataInput {
        input_file  : XSDataString
        output_file : XSDataString
        nres        : XSDataFloat
        anom        : XSDataBoolean
        res         : XSDataFloat
}

complex type XSDataUniqueify  extends XSDataInput {
        input_file  : XSDataString
        output_file : XSDataString
}

// this contpains the information for the 4 conversion plugins
complex type XSDataFileConversion extends XSDataInput {
        input_file       : XSDataString
        output_file      : XSDataString
        dataCollectionID : XSDataInteger
        start_image      : XSDataInteger
        end_image        : XSDataInteger
        res              : XSDataFloat
        nres             : XSDataFloat
        anom             : XSDataBoolean
    // optional because the way we get it is fragile and may break
    image_prefix     : XSDataString optional
}

complex type XSDataAutoprocImport extends XSDataInput {
    input_anom        : XSDataString
    input_noanom        : XSDataString
    output_directory    : XSDataString
    dataCollectionID    : XSDataInteger
    start_image        : XSDataInteger
        end_image        : XSDataInteger
        res            : XSDataFloat
        nres            : XSDataFloat
    image_prefix            : XSDataString optional
}

complex type XSDataAutoprocImportOut extends XSDataResult {
    files : XSDataString []
}