EDNA Plugin: EDPluginExecDamaverv0_1

Name:EDPluginExecDamaverv0_1
Project:ednaSaxs
Path:ednaSaxs/plugins/EDPluginGroupAtsas/plugins/EDPluginExecDamaverv0_1.py
Author:irakli
Date:
Copyright:DLS
License:GPLv3+
Module doc:
Class doc:Execution plugin running DAMAVER pipeline for alignment of input pdb models,
selecting the most typical one and building an averaged model
Datamodels: XSDataInputDamaver
targetNamespace "http://www.edna-site.org"

import XSDataCommon.XSConfiguration
import XSDataCommon.XSData
import XSDataCommon.XSDataBoolean
import XSDataCommon.XSDataFile
import XSDataCommon.XSDataDouble
import XSDataCommon.XSDataInput
import XSDataCommon.XSDataInteger
import XSDataCommon.XSDataString
import XSDataCommon.XSDataStatus
import XSDataCommon.XSDataResult
import XSDataCommon.XSDataImage
import XSDataCommon.XSDataLength
import XSDataCommon.XSDataWavelength
import XSDataCommon.XSDataRotation
import XSDataCommon.XSDataVectorDouble
import XSDataCommon.XSDataArray
import XSDataCommon.XSDataDoubleWithUnit
/*******************************************
  *  Common types used only in EdnaSaxs
  ********************************************/
  
  
complex type XSDataSaxsSeries extends XSData {
    "Basical"
    curve : XSDataFile 
    concentration: XSDataDouble optional
}

complex type XSDataSaxsSample extends XSData {
    "Everything describing the sample"
    name: XSDataString optional
    comment: XSDataString optional
    code: XSDataString optional
    
}

complex type XSDataInputDatcmp extends XSDataInput {
    "datcmp compares two curves from files
"
    inputCurve: XSDataFile []
}

complex type XSDataResultDatcmp extends XSDataResult {
    "Higher chi-values indicate dis-similarities in the input.\n
Fidelity gives the likelihood of the two data sets being identical.
"
    chi: XSDataDouble 
    fidelity: XSDataDouble
}

complex type XSDataInputDataver extends XSDataInput {
    "dataver averages two or more curves from files"
    inputCurve: XSDataFile []
    outputCurve: XSDataFile optional
    }

complex type XSDataResultDataver extends XSDataResult {
    "Result of Dataver "
    outputCurve: XSDataFile
}

complex type XSDataInputDatop extends XSDataInput {
    "datop makes an operation on curves"
    inputCurve: XSDataFile []
    outputCurve: XSDataFile
    operation: XSDataString
    constant: XSDataDouble optional
}

complex type XSDataResultDatop extends XSDataResult {
    "Result of Datop "
    outputCurve: XSDataFile
}

complex type XSDataInputAutoSub extends XSDataInput {
    "Autosub works by default in sampleCurve directory "
    buffers: XSDataFile []
    sampleCurve: XSDataFile
    subtractedCurve: XSDataFile  optional
}

complex type XSDataResultAutoSub extends XSDataResult {
    "Result of AutoSub (EDNA implementation) "
    subtractedCurve: XSDataFile
    autoRg: XSDataAutoRg
}

complex type XSDataInputAutoRg extends XSDataInput{
    sample: XSDataSaxsSample optional
//    runs: XSDataSaxsSeries[]
    inputCurve: XSDataFile[]
    minIntervalLength: XSDataInteger optional
    maxSmaxRg: XSDataDouble optional
    maxSminRg: XSDataDouble optional
}

complex type XSDataAutoRg extends XSData{
    filename:XSDataFile
    rg:XSDataLength
    rgStdev:XSDataLength
    i0: XSDataDouble
    i0Stdev:XSDataDouble
    firstPointUsed:XSDataInteger
    lastPointUsed:XSDataInteger
    quality: XSDataDouble "from 0 to 1"
    isagregated: XSDataBoolean
}

complex type XSDataResultAutoRg extends XSDataResult{
    autoRgOut: XSDataAutoRg[]
}

complex type XSDataBioSaxsExperimentSetup extends XSData{
    detector : XSDataString optional
    detectorDistance : XSDataLength optional
    pixelSize_1 : XSDataLength optional
    pixelSize_2 : XSDataLength optional
    beamCenter_1 : XSDataDouble optional
    beamCenter_2 : XSDataDouble optional
    beamStopDiode : XSDataDouble optional
    wavelength : XSDataWavelength optional
    machineCurrent : XSDataDouble optional
    maskFile : XSDataImage optional
    normalizationFactor : XSDataDouble optional
}

complex type XSDataBioSaxsSample extends XSData {
    concentration : XSDataDouble optional
    comments : XSDataString optional
    code : XSDataString optional
    temperature: XSDataDouble optional
}

complex type XSDataInputSaxsPipeline extends XSDataInput{
    "Run ProcessOneFile on each file of a time time serie until autorg "    
    fileSerie: XSDataFileSeries
    sample: XSDataBioSaxsSample
    experimentSetup: XSDataBioSaxsExperimentSetup
    directory1D: XSDataFile
    directory2D: XSDataFile
    directoryMisc : XSDataFile
    forceReprocess: XSDataBoolean optional "if not present or False, just return the existing file, else force reprocessing in different folders"
    absoluteFidelity: XSDataDouble optional 
    relativeFidelity: XSDataDouble optional
    rawImageSize: XSDataInteger optional
}
complex type XSDataResultSaxsPipeline extends XSDataResult{
    autoRgOut: XSDataAutoRg[]
}

complex type XSDataInputSaxsAnalysis extends XSDataInput{
    "AutoRg -> Gnom -> Prod pipeline"
    scatterCurve: XSDataFile
    autoRg: XSDataAutoRg optional
    gnomFile: XSDataFile optional
}
complex type XSDataResultSaxsAnalysis extends XSDataResult{
    "AutoRg -> Gnom -> Prod pipeline"
    autoRg: XSDataAutoRg
    gnom: XSDataGnom
    volume: XSDataDoubleWithUnit
}


complex type XSDataFileSeries extends XSData {
    files : XSDataFile []
}

/*******************************************
  *  Classes moved from SAS
  ********************************************/
  complex type XSDataConfigGnom extends XSData {
    printer : XSDataString [] optional
    forfac : XSDataFile optional
    expert : XSDataFile optional
    input1 : XSDataFile
    input2 : XSDataFile optional
    nskip1 : XSDataInteger optional
    nskip2 : XSDataInteger optional
    output : XSDataFile optional
    iscale : XSDataInteger optional
    plonp : XSDataBoolean
    plores : XSDataBoolean
    evaerr : XSDataBoolean optional
    ploerr : XSDataBoolean
    lkern : XSDataBoolean optional
    jobtyp : XSDataInteger optional
    rmin : XSDataDouble optional
    rmax : XSDataDouble optional
    lzrmin : XSDataBoolean optional
    lzrmax : XSDataBoolean optional
    kernel : XSDataFile optional
    deviat : XSDataDouble
    idet : XSDataInteger optional
    fwhm1 : XSDataDouble optional
    fwhm2 : XSDataDouble optional
    ah1 : XSDataDouble optional
    lh1 : XSDataDouble optional
    aw1 : XSDataDouble optional
    lw1 : XSDataDouble optional
    ah2 : XSDataDouble optional
    lh2 : XSDataDouble optional
    aw2 : XSDataDouble optional
    lw2 : XSDataDouble optional
    spot1 : XSDataFile optional
    spot2 : XSDataFile optional
    alpha : XSDataDouble
    nreal : XSDataInteger
    coef : XSDataDouble optional
    rad56 : XSDataDouble optional
    nextjob : XSDataBoolean optional
}
complex type XSDataInputGnom extends XSDataInput {
    "Input data can be provided either as a list of doubles, as Arrays or as a filename"
    rMax : XSDataDouble
    experimentalDataQ : XSDataDouble [] optional
    experimentalDataQArray : XSDataArray optional
    experimentalDataValues : XSDataDouble [] optional
    experimentalDataIArray : XSDataArray optional
    experimentalDataStdDev : XSDataDouble [] optional
    experimentalDataStdArray : XSDataArray optional
    experimentalDataFile: XSDataFile optional
    angularScale : XSDataInteger optional
    mode : XSDataString optional
}

complex type XSDataResultGnom extends XSDataResult {
    fitQuality : XSDataDouble
    output : XSDataFile
    scatteringFitQ : XSDataDouble [] optional
    scatteringFitValues : XSDataDouble [] optional
    scatteringFitQArray : XSDataArray optional
    scatteringFitIArray : XSDataArray optional
    distributionR : XSDataDouble [] optional
    distributionPr : XSDataDouble [] optional
    distributionErr : XSDataDouble [] optional
    arrayR : XSDataArray optional
    arrayPr : XSDataArray optional
    arrayErr : XSDataArray optional
    radiusOfCrossSection : XSDataDouble
    radiusOfGyration : XSDataDouble
}

complex type XSDataInputDatGnom extends XSDataInput {
    "Input file can be in 1/nm or 1/A, result will be in the same unit."
    inputCurve: XSDataFile
    rg: XSDataLength optional
    skip: XSDataInteger optional
    output: XSDataFile optional
}

complex type XSDataGnom extends XSData {
    gnomFile : XSDataFile
    rgGuinier : XSDataLength
    rgGnom : XSDataLength
    dmax: XSDataLength
    total: XSDataDouble
}


complex type XSDataResultDatGnom extends XSDataResult {
    gnom: XSDataGnom
}

complex type XSDataInputDatPorod extends XSDataInput {
    "Input file can be in 1/nm or 1/A, result will be in the same unit(^3)."
    gnomFile: XSDataFile optional
}

complex type XSDataResultDatPorod extends XSDataResult {
    volume: XSDataDoubleWithUnit
}


complex type XSDataInputDamaver extends XSDataInput {
    pdbInputFiles : XSDataFile []
    symmetry : XSDataString optional
    automatic : XSDataBoolean optional
}
complex type XSDataResultDamaver extends XSDataResult {
    meanNSD : XSDataDouble optional
    variationNSD : XSDataDouble optional
    damaverPdbFile : XSDataFile optional
    damfilterPdbFile : XSDataFile optional
    damstartPdbFile : XSDataFile optional
}

complex type XSDataInputDamfilt extends XSDataInput {
    inputPdbFile : XSDataFile
}
complex type XSDataResultDamfilt extends XSDataResult {
    outputPdbFile : XSDataFile optional
}

complex type XSDataInputDammif extends XSDataInput {
    expectedParticleShape : XSDataInteger
    gnomOutputFile : XSDataFile
    unit : XSDataString optional
    symmetry : XSDataString
    mode : XSDataString optional
    chained : XSDataBoolean optional
    constant : XSDataDouble optional
}
complex type XSDataResultDammif extends XSDataResult {
    fitFile : XSDataFile
    logFile : XSDataFile
    pdbMoleculeFile : XSDataFile
    pdbSolventFile : XSDataFile
    rfactor : XSDataDouble optional
    chiSqrt : XSDataDouble optional
}

complex type XSDataInputDammin extends XSDataInput {
    expectedParticleShape : XSDataInteger
    gnomOutputFile : XSDataFile
    initialDummyAtomModel : XSDataInteger
    pdbInputFile : XSDataFile
    symmetry : XSDataString
    mode : XSDataString optional
}
complex type XSDataResultDammin extends XSDataResult {
    fitFile : XSDataFile
    logFile : XSDataFile
    pdbMoleculeFile : XSDataFile
    pdbSolventFile : XSDataFile
    rfactor : XSDataDouble optional
    chiSqrt : XSDataDouble optional
}

complex type XSDataInputDamstart extends XSDataInput {
    inputPdbFile : XSDataFile
}
complex type XSDataResultDamstart extends XSDataResult {
    outputPdbFile : XSDataFile optional
}


complex type XSDataInputSupcomb extends XSDataInput {
    templateFile : XSDataFile
    superimposeFile : XSDataFile
    enantiomorphs : XSDataBoolean optional
    backbone : XSDataBoolean optional
}
complex type XSDataResultSupcomb extends XSDataResult {
    outputFilename : XSDataFile
    rot : XSDataRotation
    trns : XSDataVectorDouble
    NSD : XSDataDouble
}